当協会には７つの部会があり、それぞれの関連の業界団体と連携をとりながら、各専門分野の技術の向上および発展に資する活動を行っています。
合板部会
講演会・技術講習会等の開催を通じて、合板に関する流通情報、研究・技術開発情報、行政情報等を提供・発信しています。
- 設立：昭和30年
- 関連団体：日本合板工業組合連合会
- 部会長：宮本康太（森林総合研究所）
木質ボード部会
部会シンポジウムを開催するほか、木質パネルの耐久性に関する研究プロジェクトを日本木材学会木質パネル研究会と共同で推進しています。
- 設立：平成4年
- 関連団体：日本繊維板工業会
- 部会長：梅村研二（京都大学生存圏研究所）
木材・プラスチック複合材部会
木材・プラスチック複合材（WPC）の幅広い啓蒙普及活動を目的に、講演会、学識者による研究活動を通じて、木材・プラスチック複合材に関する情報を提供、発信しています。
- 設立：平成18年
- 関西支部：木材・プラスチック複合材研究会から独立
- 部会長：伊藤弘和（愛媛大学）
木質仕上げ部会
居住者の立場に立った評価を重視しながら、屋内外を問わず、居住環境の中で使われている木質仕上げ材の有効利用を進めるとともに、関連業界を支援するための活動を推進しています。
- 設立：平成18年（床板部会を継承）
- 部会長：杉山真樹（森林総合研究所）
保存部会
1974年（昭和49年）に保存部会より独立して日本木材保存協会が設立されており、当協会の木材保存分野の窓口を担っています。
- 設立：昭和30年
- 関連団体：日本木材防腐工業組合
- 部会長：桃原郁夫（森林総合研究所）
集成材部会
構造用集成材の製品計画および製造に関する講習会や構造用集成材管理士（グルーラムマスター）の資格認定試験に協力し、当該専門技術者の育成に努めています。
- 設立：昭和44年
- 関連団体：日本集成材工業協同組合
- 部会長：宮武 敦（森林総合研究所）
製材・機械加工部会
木材切削講習会の開催や木材切削士の資格認定試験に協力し、木材切削加工に精通した人材育成に努めています。
- 設立：昭和31年（製材木工部会）
- 関連団体：日本木工機械工業会
- 部会長：伊神裕司（森林総合研究所）